Como é característica das regiões cuja geologia é predominantemente constituída por calcário, a hidrografia apresenta aspetos específicos desse tipo de constituição, tais como a não perenidade e escassez dos cursos de água.
As linhas de água da Arrábida podem agrupar-se em dois tipos principais:
- As torrentes propriamente ditas, em que apenas existe água no inverno. Têm leito irregular, o que provoca grande erosão e acarreta enorme perda de materiais;
- As ribeiras que escoam água durante a maior parte do ano. São cursos de águas mais longos e mais estáveis ao longo das várias estações do ano.
Hidrograficamente a área do Parque é dividida em duas grandes áreas de drenagem, contendo cada qual, várias bacias hidrográficas com determinada orientação, drenando ou para a zona NW e N do parque ou para a zona S e E do mesmo.
Os principais cursos de água no Parque Natural da Arrábida localizam-se na sua maioria na parte este, entre Setúbal, Palmela e o vale dos Picheleiros.
A Ribeira da Ajuda é o curso de água de maior caudal da cadeia arrábica, resulta da junção das Ribeiras de Alcube e do Picheleiro e ainda tem a contribuição das Ribeiras do Almelão e Pomarinho. A sua bacia hidrográfica abrange os Vales de Picheleiro, Alcube e Ajuda, as encostas a W e S da serra de S. Luís e as encostas a W do Nico e Viso.
Temos ainda a Ribeira de Melra, do Vale de Cavalo e de Mareta. Outros cursos de água, como sejam a Ribeira da Corva, afluente da Ribeira de Livramento, ou a Ribeira do Calhariz, afluente do Rio Coina, alcançam os seus maiores caudais exteriormente ao Parque.
De todas as linhas de água referidas, interior da área do Parque, apenas a Ribeira da Ajuda conserva corrente durante alguns meses, ou mesmo durante quase todo o ano. Em grande parte da Península de Setúbal, em que o Parque se insere, a infiltração profunda excede largamente o escoamento superficial.
Assim, se em termos de recursos hídricos superficiais é fácil inferir a pobreza da Península de Setúbal e da área do Parque, o mesmo não se verifica nos recursos hídricos subterrâneos.
